系统是一个高度模块化的完整统一的食品安全检测公共技术服务平台，政府通过它能准确把握当前食品安全状况，消费者、生产者和决策者通过它能搭建一个沟通平台，及时了解其产品质量，为社会提供优质服务。
系统主要由四部分组成：数据采集端、中心处理端、用户浏览端以及公众服务模块。
数据采集端：即各质量安全检测站（点）。
中心处理端：主要负责动态收集数据采集端上传的检测数据，并进行相应的数据处理。
用户浏览端：各类用户根据权限对全部或部分监控信息检测信息进行浏览和应用。
公众服务模块：公众服务模块是中心信息发布的总平台，面向社会公众的政务公开服务，完成中心对外宣传、政务公开、咨询服务的功能，实现对平台的信息维护、运行监督的一体化、自动化管理；其分为前台和后台两个系统，前台提供给公众使用，后台提供给中心公众信息维护人员使用，给公众提供统一政务网上入口。
系统针对农、畜和水产品的特点自动发布成农产品安全检测公共技术服务平台版、畜产品安全检测公共技术服务平台版和水产品安全检测公共技术服务平台版。